Misteri Awal Mula Munculnya Varian Omicron di Afrika Selatan

Merdeka.com - Di hari-hari awal November, teknisi laboratorium di Lancet Laboratories, Pretoria, Afrika Selatan, menemukan ciri yang tidak lazim pada sampel yang mereka uji untuk virus corona.

Pada intinya, sebuah gen hilang dari struktur genom normal virus corona yang biasanya ada. Tes PCR tidak mendeteksi satu target yang biasanya terdeteksi, pertanda ada sesuatu yang berubah pada virus corona.

Beberapa hari kemudian fenomena yang sama dilaporkan di Departemen Patologi Molekuler Lancet di Johannesburg.

Laman CNN melaporkan, Kamis (2/12), Dr Allison Glass, pathologis di Lancet mengatakan penemuan ini terjadi bertepatan dengan melonjaknya kasus positif Covid-19 di sejumlah wilayah di Afsel.

Di Provinsi Gauteng, lokasi Johannesburg, kurang dari 1 persen warga dites positif pada awal November, tapi kemudian angkanya naik menjadi 6 persen dalam hitungan dua pekan dan menjadi 16 persen pada Rabu lalu.

Penemuan ini menimbulkan "kekhawatiran kita berada dalam gelombang Covid-19 berikutnya," kata Glass kepada CNN. "Di pikiran kami awalnya: Berakhir sudah masa libur Desember dan Natal kami."

Tiga pekan kemudian apa yang ditemukan ilmuwan Afrika Selatan itu di seluruh dunia dikenal dengan nama virus corona varian Omicron.

Terjadinya lonjakan kasus di Gauteng bukan tidak diketahui oleh Jaringan Pemantauan Genom di Afrika Selatan (NGS-SA). Direktur NGS-SA Tulio de Oliveira segera menggelar rapat pada 23 November. Dia mengatakan kepada the New Yorker:"Kami mendengar dari salah satu anggota jaringan lab kami, sebuah lab swasta, Lancet Laboratories, mengirimkan enam genom dari sebuah virus yang mutasinya sangat banyak. Ketika kami melihat genomnya kami cukup khawatir karena mereka menemukan kegagalan deteksi dari tes PCR."

Para ilmuwan kemudian dengan cepat menguji banyak sampel di Gauteng dan menemukan varian ini muncul cukup sering. Dua pekan kemudian Tulio menemukan varian ini sudah mendominasi semua kasus penularan setelah gelombang Delta di Afrika Selatan.

Misteri asal muasal

Kapan dan di mana awal mula munculnya Omicron hingga kini masih belum diketahui. Tidak diketahui apakah ada "pasien 0" sebagai orang pertama yang tertular varian ini.

Direktur Pusat Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular Afrika, John Nkengasong mengatakan CNN pada 30 November, "Kami tidak bisa mencari tahu dari mana varian ini berasal."

"Kasus pertama diketahui dan diidentifikasi di Botswana kemudian di Afrika Selatan," kata Nkengasong. Namun dia menegaskan, "mengidentifikasi sebuah virus atau sebuah varian baru di suatu lokasi bukan berarti virus itu berasal dari sana."

"Bisa jadi ini adalah konsekuensi dari wabah, mungkin di sebagian wilayah sub-Sahara Afrika, di mana pemantauan genomik tidak banyak bisa dilakukan dan tingkat vaksinasi yang rendah," kata Michael Head, peneliti senior kesehatan global di Universitas Southampton kepada CNN dalam wawancara via telepon.

Mencari tahu asal mula Omicron kemungkinan sia-sia jika varian ini sudah cukup lama beredar sebelumnya.

Trevor Bedford dari Departemen Epidemiologi di Universitas Wasington mengatakan di Twitter, berdasarkan analisis genom dari Botswana dan Afrika Selatan, "varian Omicron tampaknya sudah muncul jauh lebih dulu dari yang kita ketahui, mungkin sekitar awal Oktober."

Peningkatan jumlah virus pada air limbah di Pretoria juga ditemukan pada akhir Oktober dan awal November.

Namun virologis mengakui mereka baru mengetahui informasi awal tentang evolusi dan karakteristik dari varian Omicron ini.

Tidak semua berasal dari selatan Afrika

Sejumlah pendatang dari selatan Afrika memang membawa varian Omicron, namun ada contoh yang membingungkan. Seorang perempuan Belgia yang baru pulang dari Mesir via Turki pada 11 November juga positif varian Omicron. Dia dinyatakan positif 10 hari kemudian.

Sejumlah kasus yang terkonfirmasi di Kanan juga terkait pendatang dari Nigeria. Kasus yang diidentifikasi di Arab Saudi pada 1 Desember berasal dari pendatang asal Afrika utara. Seorang dokter Israel juga dites positif varian Omicron setelah pulang dari acara konferensi di London. Dia bukan pulang dari Afrika Selatan.

Tak satu pun dari sembilan kasus di Skotlandia pada 30 November mempunyai riwayat perjalanan dan semunya menghadiri acara yang sama pada 20 November.

Masih banyak yang belum diketahui tentang varian Omicron ini. Tentang bagaimana varian ini bisa begitu cepat menyebar, apakah varian ini bisa menghindari dari vaksin atau apakah dampaknya hanya menimbulkan gejala ringan dari mayoritas orang yang tertular.

Dalam waktu dua pekan, Afrika Selatan yang taidnya mencatat 290 kasus positif per hari kini mengalami lonjakan hingga hampir 3.800 kasus per hari. Rabu lalu Afsel mencatat 8.561 kasus dan tiga perempat dari kasus di Provinsi Gauteng adalah Omicron.